测量样本中所有细胞混合后的平均 RNA 表达。
优先选择，当你要：
样本级差异表达
较大临床队列
通路与分子特征筛选
不要指望它单独回答：
定位信号来自哪类细胞
保留组织空间位置
HOW TO COMBINE EVIDENCE
不要只列指标：把证据放回一个判断情境
先用类比建立直觉，再把每项观察放回研究问题，最后决定结论应该停在哪里。
01 · 先建立直觉
Bulk RNA-seq 像一台有固定镜头的相机
相机能看清某个距离和尺度，却不会同时保留所有信息。方法选择也是如此：先看它的镜头能回答什么，再安排另一种方法补上盲区。
第一种方法的输出不是终点，而是下一层方法的输入；组合的目标是补证据，不是堆技术名词。
02 · 教学模拟
什么时候需要把 Bulk RNA-seq 接到另一种方法？
情境：研究者希望回答“测量样本中所有细胞混合后的平均 RNA 表达。”，但单独使用 Bulk RNA-seq 只能观察其中一层。
问题：哪一层证据已经获得，哪一层仍缺失，下一种方法应该补什么？
观察：当前方法适合：样本级差异表达、较大临床队列、通路与分子特征筛选；它不能单独回答：定位信号来自哪类细胞、保留组织空间位置。
03 · 逐项合并证据
判断 Bulk RNA-seq 是否补到了这一层证据
怎么看
把 researchUnit: 样本 / 组织 放回样本单位、测量分辨率和目标估计量，而不是按方法名判断高级或低级。
支持时
如果这一层正是研究问题需要，并且输出可与其他数据对象连接，Bulk RNA-seq 适合承担它。
冲突时
如果研究者把这一层输出写成另一种方法才能提供的结论，就出现证据越界。
缺失时
没有这一层时，应明确下一种方法或验证实验的目标，而不是继续堆叠同类结果。
在这个案例里
例如先用 Bulk RNA-seq 定位候选变化，再用能观察 定位信号来自哪类细胞 的方法补上缺失层。
04 · 合并后的判断
结合规则
方法组合应遵循“前一层提出可检验候选，后一层补上前一层缺失的证据”，而不是把多个相关结果相加成因果。
案例结论
Bulk RNA-seq 可以作为证据链中的一层；组合方法后只能扩大可解释范围，不能自动消除混杂、测量误差或选择偏倚。
证据边界
方法本身不会自动带来机制或因果；每一层结果都要保留样本、设计和验证边界。
06 · STOPPING RULE
什么时候应该停止继续解释？
当新增方法只重复已有信号，或不能补上明确的证据缺口时，停止继续叠加方法。
- 定位信号来自哪类细胞
- 保留组织空间位置
下一步：先画出测量层级和证据缺口，再选择一个能直接回答缺口的验证方法，并预先定义成功标准。